После окончания МДА (1891) некоторое время преподавал в Псковской и Рижской Духовных семинариях, а затем защитил магистерскую диссертацию в МДА («Искушение Богочеловека», М., 1892; во 2-м изд. книга, по требованию Святейшего Синода, была названа «Искушение Господа нашего Иисуса Христа», М., 1900).

С 1902 по 1918 годы — профессор кафедры нравственного богословия МДА. В 1917-1918 годах — редактор журнала «Богословский вестник».

В 1903 году написал докторскую диссертацию «Философия евангельской истории. Жизнь Иисуса Христа — слава Божия». Представив диссертацию к защите, он 10 лет ждал её утверждения.

С 1927 года, после смерти супруги жил главным образом в Москве у сыновей. Все трое его сыновей стали докторами наук, профессорами. Старший, Владимир, заведовал кафедрой теплотехники Московского электромеханического института инженеров транспорта; младший, Борис, работал в различных НИИ и вузах — тоже по электротехнической части. Средний, Евгений, стал знаменитым врачом.

Воспоминания митрополита Питирима (Нечаева) о периоде работы М. М. Тареева в Московской Духовной Академии: «Был тогда у нас в Академии замечательный профессор Тареев. Очень интересный человек, глубоко православный, но смелых взглядов, а потому всегда вызывавший чувство настороженности и критику со стороны как коллег, так и студентов. Преподаватель он был великолепный, а лекции читал ужасно: приносил тетрадочку и дудел по ней, так что студенты разбегались. Как-то раз после очередной его лекции прогрессивного характера о возрождении самодеятельности приходов, инициативы верующих (у него были очень интересные материалы на этот счет), выходит он из аудитории, за ним — студенты, вдруг опережает его иеромонах строгой жизни, и бросает ему: „Суда Божия не избежишь!“ Студент — профессору! Мне это рассказывали как факт».